Le hub cherche des testeurs !
Si vous êtes intéressé pour utiliser la dernière version de l’application SHADE, gratuite, ouverte à tous et facile d’utilisation, écrivez à shiny-stats@pasteur.fr
Conjuguer statistiques et biologie : un impératif pour la qualité des résultats expérimentaux
Depuis 2018, le hub de bioinformatique et de biostatistique de l'Institut Pasteur collabore avec les animaleries Pasteuriennes et le Comité d'Éthique en Expérimentation Animale (CETEA) n°89 pour évaluer les aspects statistiques des Demandes d’Autorisation de Projets (DAP) en expérimentation animale. La relecture des sections concernant les approches et analyses statistiques (3.3.6.2 « Stratégies de réduction ») par ces experts a révélé qu’elles sont souvent mal renseignées, et que l'amorçage de collaborations entre statisticiens et biologistes dès la phase de conception des expériences est essentiel.
En effet, négliger cette étape peut entraîner d'importants problèmes en termes de qualité des résultats expérimentaux, notamment :
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une confusion statistique entre les facteurs expérimentaux et les effets techniques,
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une inflation des faux positifs,
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un manque général de robustesse et de reproductibilité des résultats (ou des données).
Outre les enjeux scientifiques liés à la reproductibilité, cela pose aussi des questions éthiques quant à l'utilisation appropriée des modèles animaux en recherche.
« SHADE » : l’optimisation du Design Expérimental en un clic
Pour répondre à ces défis, les ingénieurs de recherche, Emeline Perthame, Pascal Campagne et Elise Jacquemet, du Hub de Bioinformatique et de Biostatistique de l’Institut Pasteur, ont collaboré avec Marion Bérard, responsable adjointe de l'Animalerie centrale et secrétaire scientifique du CETEA, pour développer un logiciel d’aide à la planification expérimentale, nommé SHADE (SHiny Application for Designs of Experiments).
Cette application permet de :
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Calculer le nombre de sujets nécessaires pour une expérimentation animale (« Analyse de puissance »)
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Rédiger automatiquement le paragraphe correspondant pour les DAP
Développée pour répondre aux besoins des utilisateurs et porteurs de projets, et combler les lacunes des dispositifs existants, SHADE s'avère être un outil de planification expérimentale indispensable. L’interface permet de réaliser des « analyses de puissance » pour déterminer le nombre d'animaux requis en fonction du test à réaliser et des variations attendues (ex : perte de poids, taille d’une tumeur…), garantissant ainsi une puissance statistique suffisante pour détecter une taille d’effet donnée.
Simplification et optimisation des DAP avec SHADE
L’application SHADE rédige automatiquement un texte concis - disponible en français et en anglais - pour la section 3.3.6.2 « Stratégies de réduction » des DAP. Ce texte est structuré autour des notions importantes et des mots-clés, tels que le test utilisé, les variables, les différences attendues, la puissance du test et le nombre d'animaux nécessaires. Cette fonctionnalité simplifie la rédaction des DAP par les porteurs de projets, facilite la relecture par les rapporteurs et améliore l'évaluation par le CETEA, tout en garantissant l'exactitude des données statistiques et en optimisant l'utilisation des animaux.
Depuis son adoption en mars 2019, l'application SHADE a apporté une réelle amélioration à l'Institut Pasteur en matière de statistiques en expérimentation animale. Elle a simplifié et clarifié les aspects statistiques pour les porteurs de projets, tout en facilitant le processus de Demande d’Autorisation de Projets. Elle a également permis de consolider les plans d’expérience, en intégrant par exemple la prise en compte de différents facteurs comme l’influence du sexe ou l’« effet cage ».
La planification expérimentale accessible à tous : adoptez le réflexe SHADE
L’application SHADE est gratuite et ne nécessite pas de compte (elle ne stocke pas de données). Elle est déjà accessible à tous à l'adresse suivante : shade.pasteur.fr. Elle se distingue par sa simplicité et sa rapidité d'utilisation par rapport à d'autres logiciels de planification expérimentale. Conçue pour les non-statisticiens, SHADE est destinée à être utilisée par tous les porteurs de projets - utilisant des animaux ou non - au stade de la conception expérimentale.
Un webinaire a été organisé par le FC3R le 7 décembre 2023 pour présenter son utilisation.
Une interface encore plus ergonomique du logiciel sera disponible début 2024. Par la suite, des formations en visioconférence et des tutoriels vidéo devraient être proposés. La version française du tutoriel anglais est également envisagée.
Au fil de sa collaboration avec les animaleries, le CETEA et les chercheurs du campus Pasteurien, le Hub a mis en place de nombreuses autres actions de soutien à la recherche. Rendez-vous le 7 décembre prochain pour en savoir plus !