SHADE : SHiny Application for Designing Experiments

Descriptif du webinaire

Lors de ce webinaire, les ingénieurs de recherche du Hub de Bioinformatique et Biostatistique de l’Institut Pasteur, présentent leur mission de soutien aux chercheurs pour la planification expérimentale et expliquent comment ces différentes actions contribuent à la règle des 3R et à améliorer la qualité des données produites en expérimentation animale.

Dans le cadre de leurs activités, ils ont constaté l’importance d’amorcer les collaborations entre statisticiens et biologistes en amont de l'analyse de données, et dès la conception des expériences. En effet, si ce processus est négligé, des problèmes majeurs peuvent se manifester dans la qualité des résultats expérimentaux :

- Confusion statistique entre facteur expérimental et effets techniques,
- Inflation des faux positifs,
- Plus généralement un manque de robustesse et de reproductibilité des conclusions.

Au-delà des enjeux scientifiques de reproductibilité, se posent ainsi des questions d’éthique quant au recours correct au modèle animal en recherche. Au Hub, en collaboration avec le CETEA (Comité d’Ethique en Expérimentation Animale), des actions ont été mises en place afin d'améliorer la qualité des données générées à l’Institut Pasteur :

- Formation continue sur la planification expérimentale, sous la forme d’ateliers statistiques
- Développement de logiciels d’aide à la planification expérimentale
- Projets transversaux à l’échelle du campus Pasteurien (étude des effets liés au sexe, aux cages d’élevage) visant à optimiser les procédures
- Consultation obligatoire des statisticiens par les concepteurs lors de la conception du projet avant demande d’autorisation (DAP)

Lors de ce webinaire, est présentée également l’application SHADE (SHiny Application for Designs of Experiments) développée au Hub pour l’analyse de puissance.

Intervenants

Emeline Perthame, Pascal Campagne, Elise Jacquemet

Emeline, Elise et Pascal sont ingénieurs de recherche au Hub de Bioinformatique et Biostatistique à l’Institut Pasteur. Leurs missions sont la prise en charge de projets d’analyse de données (des données expérimentales simples jusqu’aux données omiques), la formation des scientifiques du campus et la mise en place d’actions telles que celles abordées pendant ce webinaire.

Marion Bérard

Responsable Adjoint de l'Animalerie Centrale

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